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本学と国立研究開発法人理化学研究所は、2016（平成28）年に「理化学研究所と京都大学との連携・協力の推進に関する基本協定」を締結し、2018（平成30）年には、高等研究院に「理研－京大数理科学連携拠点」を設置し、数理科学を軸に、自然科学はもとより、医学、社会科学など広範な分野を対象に世界最先端の数理・融合研究の展開、新たな研究領域の開拓、およびそれらを担う次世代人材の育成を推進してきました。 本学と理化学研究所は、より一層強固な連携のあり方を協議してきましたが、この度、両機関がそれぞれに最先端の研究と研究者の厚みを有し、かつ、全ての基礎科学の基本を支える技術であるとともに、Society 5.0の実現に資する基盤技術である光量子科学分野の新規拠点（理研－京大光量子科学連携拠点）を設置し、連携を開始することとしました。これとともに数理連携を拡充し、さらには基礎量子科学分野等についても連携の構想を進めていきます。また、クロスアポイントメント制度等の人事制度の柔軟な活用による人材交流の促進や次世代を担う若手研究者育成等の取組みを加えてパッケージとし、2025（令和7）年4月1日より「京都大学と理化学研究所の包括連携2.0」として進めていきます。